港灣設施-臺灣港務股份有限公司-高雄港務分公司

澎湖國內商港現有馬公碼頭區及龍門尖山碼頭區。
馬公碼頭區現有碼頭8座，客運為主，共長1,144公尺，如馬公碼頭區平面圖。
1號碼頭：為郵輪客運碼頭，1號碼頭可供15萬噸級以下郵輪靠泊。
2~8號碼頭：為客運碼頭。

龍門尖山碼頭區現有碼頭8座，貨運為主，共長1,003公尺，如龍門尖山碼頭區平面圖。

碼頭編號	長度	水深	建造年月	用途	備註
1號碼頭	380m	-10.0m	71/4	客、貨運碼頭	鋼板樁棧橋式碼頭，腹地8,145平方公尺無倉棧設施，可供15萬噸級以下客輪靠泊。後線旅運中心興建中(預計115年完工)
2號碼頭	140m	-6.0m	61/6	客運碼頭	鋼板樁棧橋式碼頭，12層港埠大樓位於碼頭後線，內一至二樓為旅客服務中心，港埠大樓與碼頭間之空地約2,800平方公尺，無倉棧設施，可供2,000噸級以下客輪靠泊。
3號碼頭	137m	-6.0m	60/6	客運碼頭(浮動平台)	三、四號碼頭為日據時代即有之突堤碼頭，於六十年六月完成向南再增長26.5公尺之鋼板樁棧橋式碼頭，碼頭寬約11公尺，無倉棧設施。碼頭中段設有油管接收口一處及水管接收口兩處，供油輪、運水輪為主，另可供公務船及其他船舶臨時靠泊。(供油運水已改至龍門尖山碼頭區作業)。
4號碼頭	128m	-6.0m	60/6	客運碼頭
5號碼頭	60m	-4.5m	43/8	客運碼頭
6號碼頭	103m	-7.0m	81/2	客運碼頭	於八十一年二月向南填築新生地8,800平方公尺改建為鋼板樁棧橋式東、南、西向三座碼頭，可供5,000噸級以下船舶靠泊。
7號碼頭	56m	-7.0m	81/2	客運碼頭
8號碼頭	140m	-7.0m	81/2	客、貨運碼頭

碼頭編號	長度	水深	用途	備註
1號碼頭	150m	-3.5m	(臨時)客運碼頭	106年4月28日作為龍門->布袋客船航線試營運用碼頭使用。
2號碼頭	150m	-3.5m	散雜貨運碼頭	規劃供2,000DWT以下貨輪使用，現有航行至布袋貨輪靠泊營運。
3號碼頭	100m	-3.5m	散雜貨運碼頭
4號碼頭	100m	-4.0m	散雜貨運碼頭
5號碼頭	100m	-4.5m	散雜貨運碼頭
6號碼頭	100m	-4.5m	散雜貨運碼頭
7號碼頭(未建)	200m	--	散雜貨運碼頭	規劃為遠程開發計畫，目前新生地前拋消波塊作為護岸。
8號碼頭(未建)	102m	--	散雜貨運碼頭	規劃為遠程開發計畫，目前新生地前拋消波塊作為護岸。
9號碼頭	151m	-7.0m	大宗散貨碼頭	規劃供5,000DWT以下貨輪及砂石船舶使用，後線埋有中油及台電油品管線連接湖西油庫及尖山電廠。
10號碼頭	152m	-7.5m	油品碼頭	規劃供6,000 DWT以下油輪使用，後線設有清管站一處。並設有小三通公用倉棧1座。
11號碼頭	161m	--	多用途碼頭	規劃為遠程開發計畫，係利用西防波堤兼作碼頭。