布袋港早於明、清時代即為台灣對大陸福州、廈門通商口岸，船隻進出頻繁，以鹽產為最大輸出品。

臺灣省政府於民國36年10月成立布袋辦事處主管港口營運管理事宜；嗣後復因颱風破壞碼頭設施致使航運中斷，本局布袋港辦事處於民國69年12月奉令裁撤。 

民國75年交通部核定布袋往返澎湖港客貨運航線，並獲省政府補助興建堤防及碼頭，於民國78年完成客貨碼頭250公尺，奠定布袋港營運發展之基礎。

民國82年嘉義縣政府獲省政府補助9億9千萬元，自83年度起分年編列預算辦理布袋港客貨碼頭擴建工程，至民國86年11月完成客貨碼頭4.5座，供離島及環島客貨、散雜貨船舶靠泊使用。

民國87年10月28日行政院核定布袋港為國內商港，前臺灣省政府並於同年11月11日指定公告布袋港為國內商港，本局為其管理機關，並於同年11月15日成立布袋港籌備處，至民國89年6月1日正式奉准成立布袋辦事處綜理商港管理及營運等相關事宜。