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- 一、本分公司置總經理一人，由總公司副總經理兼任，綜理本分公司業務，並直接對總公司之總經理負責；另置副總經理1人，由總公司助理副總經理兼任。
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二、本分公司置港務長、總工程司、主任秘書、副總工程司各一人，襄助分公司總經理綜理分公司業務，並直接對分公司總經理負責。
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三、本分公司設業務處、港務處、棧埠事業處、資訊處、工程處、維護管理處、船機處、職業安全衛生處、人事處、政風處、會計處、秘書處掌理本分公司各項業務；並設安平港營運處、馬公管理處及布袋管理處，負責附屬港之經營及管理。