目前澎湖港為一港二碼頭區形態，包括馬公碼頭區及龍門尖山碼頭區。

馬公碼頭區位於澎湖群島之澎湖本島西南灣岸馬公市，港口位置為北緯23度33分42秒， 東經119度33分06秒，係一個港口朝西之馬蹄形天然灣澳，港域遮蔽良好，風浪不易直接侵入，是澎湖群島對外海上交通運輸首要門戶。

龍門尖山碼頭區位於澎湖本島東南灣岸湖西鄉，港口位置為北緯23度33分23秒， 東經119度40分20秒，是民生物質主要輸入港。