馬公港埠大樓主體結構為地下二層、地上十二層，每層樓面積約二百六十五坪。於民國八十年十月卅日開工，至民國八十六年九月十二日完工啟用。各樓層用途如下：

• 1樓為售票區及旅客出境安檢室與免稅商店。
• 2樓為公共服務區。
• 3樓為航商辦公室。
• 4樓為辦公室，由臺灣港務股份有限公司高雄港務分公司馬公管理處使用。
• 5樓為辦公室，由交通部航港局南部航務中心馬公航港科使用。

硬體設施：

機動服務：

• 行李手推車100部
• 殘障輪椅2個
• 無線網路(免費WIFI)
• 茶水服務3組
• 退稅服務區

馬公港港埠大樓